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親から相続した実家が空き家のまま3年目に入り、そろそろ売ろうと動き出したところで「売却益には税金がかかる」と聞いて手が止まった、という方は少なくありません。売値が2,000万円、3,000万円と大きいほど「そのうち何割を税金で持っていかれるのか」が気になります。ここで押さえておきたいのは、税金は売った金額そのものではなく、そこから元手や経費を引いた「もうけ（譲渡所得）」にだけかかるという点です。
結論から言えば、空き家売却の税金は「所有期間（長期か短期か）」「取得費がいくらか」「特例が使えるか」の3点でほぼ決まります。とくに相続した空き家には最高3,000万円まで譲渡所得を差し引ける特別控除があり、これが使えるかどうかで税額がゼロになることもあれば数百万円になることもあります。まずこの3点を順に確認していきましょう。売却そのものの進め方や費用の全体像は空き家 売却の方法と費用（仲介・買取・一括査定の違い）で整理しています。
空き家の売却でかかる税金は「譲渡所得」だけにかかる
不動産を売って利益が出たときにかかる所得税・住民税を、まとめて譲渡所得課税と呼びます。国税庁の説明では、譲渡所得の金額は「土地や建物を売った金額（収入金額）から取得費と譲渡費用を差し引いて計算」します（特例が使える場合はさらに特別控除を差し引きます）。
言い換えると、計算の骨格はこうなります。
- 収入金額（売却代金）
- マイナス 取得費（買ったときの代金や建築費、購入時の諸費用など。建物は減価償却後）
- マイナス 譲渡費用（仲介手数料、印紙税、売るための解体費や測量費など）
- マイナス 特別控除（空き家の3,000万円特別控除など、条件を満たすとき）
- イコール 課税される譲渡所得
ポイントは、赤字（取得費と譲渡費用の合計が売値を上回る）なら譲渡所得はゼロで税金はかからないこと、そして特別控除を引いた結果がゼロ以下になれば、やはり税金はかからないことです。売値が大きくても「もうけ」が小さければ税負担は軽くなります。
譲渡所得の計算式と税率（長期・短期で税率が変わる）
譲渡所得にかかる税率は、売った不動産の所有期間で長期と短期に分かれます。判定の基準日は売買契約日ではなく「譲渡した年の1月1日時点」です。この時点で所有期間が5年を超えていれば長期、5年以下なら短期になります。1月1日で数える点を見落とすと、5年前後の物件で税率が倍近く変わることがあるため注意します。
| 区分 | 所有期間（譲渡した年の1月1日時点） | 所得税 | 復興特別所得税 | 住民税 | 合計（計算値） |
|---|---|---|---|---|---|
| 長期譲渡所得 | 5年を超える | 15% | 所得税額の2.1% | 5% | 20.315% |
| 短期譲渡所得 | 5年以下 | 30% | 所得税額の2.1% | 9% | 39.63% |
復興特別所得税は、各年分の基準所得税額の2.1%を所得税と併せて申告・納付するものです。表の「合計」は所得税・復興特別所得税・住民税を足し合わせた税率で、国税庁の各ページには合計値そのものの記載はないため計算上の値です。実際の申告では、それぞれの税を内訳ごとに計算します。
なお、取得費が分からない場合（古い家で購入時の契約書が残っていないなど）は、「売った金額の5%相当額」を概算取得費として使えます。たとえば3,000万円で売却したなら取得費は150万円として計算できます。実際の取得費が分かるならそちらを使い、5%より不利にならない方を選びます。
相続した空き家を3,000万円で売る計算例
数字で見た方が早いので、相続した実家（取得費不明）を3,000万円で売るケースで計算してみます。仲介手数料は国土交通省の告示に沿った区分計算（200万円以下の部分5.5%、200万円超400万円以下の部分4.4%、400万円超の部分3.3%、いずれも税込）で求めます。
仲介手数料の内訳は、200万円×5.5%＝11万円、200万円×4.4%＝8.8万円、(3,000万円−400万円)×3.3%＝85.8万円で、合計105.6万円（税込・計算値）です。契約書の印紙税は、1,000万円超5,000万円以下の軽減税率で1万円です。
| 項目 | 金額 |
|---|---|
| 売却代金（収入金額） | 3,000万円 |
| 概算取得費（売値の5%） | 150万円 |
| 譲渡費用（仲介手数料105.6万円＋印紙税1万円） | 106.6万円 |
| 譲渡所得（控除前） | 2,743.4万円 |
| 3,000万円特別控除の適用後 | 0円（控除の範囲に収まり課税なし） |
この物件で空き家の3,000万円特別控除が使えるなら、譲渡所得2,743.4万円は控除枠3,000万円の範囲に収まるため、課税される譲渡所得はゼロになり、所得税・住民税はかかりません。
一方、特例が使えない場合は、この2,743.4万円に税率がかかります。長期譲渡（所有期間5年超）を前提にすると、所得税は2,743.4万円×15%＝約411.5万円、復興特別所得税はその2.1%で約8.6万円、住民税は2,743.4万円×5%＝約137.2万円となり、合計でおよそ557万円です。特例が使えるかどうかで、同じ売却でも税負担がゼロと約557万円に分かれる計算になります。特例の条件確認がいかに重要かが分かります。
空き家の3,000万円特別控除の条件
正式には「被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特別控除の特例」です。相続または遺贈で取得した被相続人居住用の家屋・敷地を、平成28年4月1日から令和9年12月31日までの間に売り、一定の要件を満たすと、譲渡所得から最高3,000万円まで控除できます。主な条件を整理します。
期限と金額の条件
- 相続開始（亡くなった日）から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売ること。相続後に時間が経ちすぎると使えなくなります。
- 売却代金が1億円以下であること。
- 令和6年1月1日以後の譲渡では、相続人が3人以上いる場合の控除額は1人あたり最高2,000万円になります。
家屋の3要件
- 昭和56年5月31日以前に建築された家屋であること（いわゆる旧耐震の建物）。
- 区分所有建物登記がされている建物でないこと（分譲マンションなどは対象外）。
- 相続の開始の直前において、被相続人以外に居住していた人がいなかったこと（一人暮らしだった実家などが典型）。
相続後の使い方と耐震・取壊しの条件
相続の時から譲渡の時まで、事業・貸付け・居住のいずれにも使っていないことが必要です。空き家として置いていた家がこれにあたります。家屋そのものを売る場合は、譲渡の時に一定の耐震基準を満たすことが求められますが、令和6年1月1日以後の譲渡では、譲渡の日の属する年の翌年2月15日までに耐震基準を満たすか、家屋の全部を取り壊す（更地にする）ことでも認められるようになりました。買主側で耐震改修や取壊しを行うケースにも対応しやすくなっています。
取得費加算との選択と確定申告で必要な書類
相続がからむ売却には、もう一つ「相続財産を譲渡した場合の取得費の特例（取得費加算）」があります。これは、相続開始の翌日から相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日までに売った場合に、支払った相続税額のうち一定額を取得費に上乗せできる仕組みです。相続税を納めた人にとっては譲渡所得を圧縮できます。
ただし、空き家の3,000万円特別控除と取得費加算は併用できません。どちらか一方を選ぶことになります。相続税を納めていない、または少額なら3,000万円控除の方が有利になりやすく、相続税を多く納めていて売却益がそれほど大きくないなら取得費加算が効くこともあります。金額を両方で試算して有利な方を選ぶのが基本です。
いずれの特例も、適用を受けるには確定申告が必要です。3,000万円特別控除では、市区町村長が交付する「被相続人居住用家屋等確認書」などの書類を申告書に添付します。確認書は交付までに日数がかかることがあるため、売却の見通しが立った段階で、対象の空き家がある市区町村の窓口に早めに確認しておくと安心です。判断が難しいケースや金額が大きいケースでは、税理士など専門家への相談をおすすめします（適用の可否は個別事情で変わります）。
どの特例を使えるか判断するフロー
自分のケースで特例が使えそうかを、条件を順にたどって確認できます。
- その空き家は相続または遺贈で取得したものか。売買や贈与で得た物件はこの特例の対象外です。
- 家屋は昭和56年5月31日以前の建築で、区分所有登記のない一戸建てか。マンションや新耐震の家は対象外です。
- 亡くなった方が一人で住んでいた（相続直前に他に居住者がいない）家か。
- 相続後に貸したり住んだり事業に使ったりしていないか。
- 売却代金は1億円以下で、相続開始から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売れる見込みか。
- 家屋を残して売るなら耐震基準を満たす、または更地にして売る段取りが取れるか。
ここまで全て「はい」なら、3,000万円特別控除の対象になる可能性が高い状況です。どれかで外れる場合は、取得費加算が使えないか、あるいは通常の譲渡所得計算で税額がどうなるかを試算します。売却時期を1年ずらすだけで3年の期限を過ぎてしまうこともあるため、期限は早めに逆算しておきます。
よくある質問
空き家を売っても税金がかからないのはどんなときですか。
取得費と譲渡費用の合計が売値を上回って譲渡所得が出ないとき、または特別控除を差し引いた結果がゼロ以下になるときは、所得税・住民税はかかりません。相続した空き家で3,000万円特別控除が使え、譲渡所得が3,000万円以内に収まるケースが代表例です。
取得費が分からない古い家はどう計算しますか。
購入時の契約書などが残っておらず取得費が不明な場合は、売った金額の5%相当額を概算取得費として使えます。3,000万円で売れば150万円です。実際の取得費が分かり、5%より高いならそちらを使う方が譲渡所得を小さくできます。
長期と短期は何で決まりますか。
売った年の1月1日時点での所有期間で判定します。5年を超えていれば長期（合計税率20.315%・計算値）、5年以下なら短期（合計39.63%・計算値）です。売買契約の日ではなく1月1日で数える点に注意してください。
3,000万円控除と取得費加算は両方使えますか。
両方を同時には使えません。どちらか有利な方を選びます。相続税をあまり納めていない場合は3,000万円控除が有利になりやすいですが、金額は個別事情で変わるため、両方で試算して比べるのが確実です。
相続してから何年以内に売ればよいですか。
空き家の3,000万円特別控除を使う場合は、相続の開始があった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売却する必要があります。加えて特例全体の期限として、令和9年12月31日までの譲渡が対象です（2026年9月時点）。期限が近い場合は売却の段取りを早めに進めてください。
特例を使うのに確定申告は必要ですか。
必要です。3,000万円特別控除の適用には、市区町村が交付する被相続人居住用家屋等確認書などを添付して確定申告します。納める税額がゼロになる場合でも、特例を使うこと自体を申告で示す必要があります。
参考・出典
- 国税庁 No.3202 譲渡所得の計算のしかた（分離課税） https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3202.htm
- 国税庁 No.3208 長期譲渡所得の税額の計算 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3208.htm
- 国税庁 No.3211 短期譲渡所得の税額の計算 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3211.htm
- 国税庁 No.3258 取得費が分からないとき https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3258.htm
- 国税庁 No.3306 被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3306.htm
- 国税庁 No.3267 相続財産を譲渡した場合の取得費の特例 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3267.htm
- 国税庁 No.7108 不動産の譲渡・消費貸借等に関する契約書に係る印紙税の軽減措置 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/inshi/7108.htm
- 国土交通省 宅地建物取引業者が受けることができる報酬の額（告示・消費者向けお知らせ） https://www.mlit.go.jp/totikensangyo/const/1_6_bf_000013.html
